Pokuty a sankcie pri e-fakturácii: čo hrozí za nesplnenie povinností

Odkedy pokuty reálne hrozia
Povinná elektronická fakturácia je síce legislatívne schválená už od 1. januára 2026, hlavné povinnosti však nadobúdajú účinnosť až 1. januára 2027. Celý rok 2026 je prechodné obdobie: Finančná správa sprístupnila dobrovoľnú implementáciu od druhého kvartálu 2026, aby si firmy systém vopred vyskúšali. Za toto obdobie vám žiadna pokuta nehrozí — je to čas na prípravu, nie na sankcie.

Dôležité je vedieť, koho sa povinnosť týka. Vystavovať e-faktúry pri tuzemských obchodných transakciách budú od roku 2027 povinní platitelia DPH. Prijímať e-faktúry musia byť technicky pripravené všetky zdaniteľné osoby — teda aj neplatitelia DPH a podnikatelia, ktorí sami faktúry vystavujú len zriedka. Neplatitelia DPH budú mať povinnosť e-faktúry aj vystavovať až od 1. júla 2030. Predaja koncovým zákazníkom (B2C) sa e-fakturácia netýka.
Za čo môže prísť pokuta
Sankcionovať možno viac druhov pochybení. V praxi ide najmä o:
nevystavenie faktúry v požadovanom elektronickom formáte (bežné PDF ani sken už e-faktúrou nie sú);
nesprávne, neúplné alebo nepresné údaje na e-faktúre;
oneskorené odoslanie e-faktúry alebo nenahlásenie údajov v zákonnej lehote;
neodoslanie faktúry cez certifikovaného poskytovateľa doručovacej služby (digitálneho poštára).
Aké vysoké pokuty hrozia
Za jedno porušenie môže daňový úrad uložiť pokutu až do 10 000 eur. Pri opakovanom alebo systematickom nedodržiavaní povinností môže úhrn sankcií vystúpiť až na 100 000 eur.
Tieto pokuty nevyplývajú zo samostatného sadzobníka pre e-faktúru, ale zo všeobecnej úpravy daňového poriadku pre porušenie povinnosti nepeňažnej povahy. Z toho vyplývajú dve veci. Po prvé, o konkrétnej výške rozhoduje daňový úrad podľa závažnosti porušenia, jeho trvania, následkov a indexu daňovej spoľahlivosti podnikateľa. Po druhé, suma 100 000 eur nie je pokuta za jediné pochybenie — vzniká sčítaním opakovaných sankcií, kým protiprávny stav trvá.

Pri prvom neúmyselnom porušení daňový úrad spravidla pokutu neuloží a postačuje napomenutie. To však platí len raz — opakované „neúmyselné“ chyby môže úrad vyhodnotiť ako úmyselné obchádzanie zákona a pristúpiť k pokutám.
Skryté riziko: problém s odpočtom DPH
Priama pokuta nie je jediný následok. Ak faktúru neprijmete v zákonom predpísanej forme, môžete mať problém preukázať nárok na odpočet DPH. To v praxi znamená vyššiu daňovú povinnosť — často citeľnejšiu než samotná sankcia.

Dodávateľ vám pošle e-faktúru cez sieť Peppol, no váš softvér nie je pripravený a doklad vôbec neprijmete. Faktúru nemáte v predpísanej forme, a tak vám pri kontrole môže daňový úrad spochybniť odpočet DPH z tohto plnenia. Nákup síce reálne prebehol, no DPH si bez správne prijatej e-faktúry neuplatníte.
Kedy sa pokute vyhnete
Nie každé pochybenie automaticky znamená pokutu. Úrad prihliada na okolnosti a v týchto prípadoch sa sankcii pravdepodobne vyhnete:
Drobná neúmyselná chyba pri prvom porušení — napríklad preklep, ak preukážete konanie v dobrej viere.
Chyba na strane digitálneho poštára — ak faktúra nebola doručená pre technickú poruchu prístupového bodu, zodpovedá poskytovateľ služby, nie vy. Kľúčové je mať dôkaz o odoslaní.
Bezodkladná náprava — ak chybu zistíte sami a hneď vystavíte opravnú e-faktúru, úrad to zohľadní ako poľahčujúcu okolnosť.
Výpadok systému na strane štátu — za oneskorenie spôsobené výpadkom infraštruktúry Finančnej správy sankcionovaný nebudete.

Najlacnejšia poistka proti pokutám je príprava. Overte si, či váš účtovný softvér podporuje formát EN 16931 a odosielanie cez Peppol, vyberte si certifikovaného digitálneho poštára, zapnite automatické odosielanie e-faktúr hneď po vystavení a celý proces si otestujte ešte v priebehu roka 2026.

FakturaOnline.sk bude na e-fakturáciu pripravená
Ak fakturujete cez FakturaOnline.sk, nemusíte nič meniť ani nastavovať. Všetko zabezpečíme v rámci bežných tarifov: správny formát faktúr, doručenie cez sieť Peppol aj odovzdanie údajov Finančnej správe. O všetkých zmenách vás vopred informujeme.
Elektronická fakturácia na Slovensku 2027: kompletný sprievodca povinnosťami, harmonogramom a prípravou.
Najčastejšie otázky?
1. Odkedy hrozia pokuty za e-faktúru?
Povinnosti nadobúdajú účinnosť 1. januára 2027. Rok 2026 je prechodné obdobie na dobrovoľné testovanie a za toto obdobie žiadna pokuta nehrozí.
2. Aká je najvyššia pokuta za nevystavenie e-faktúry?
Za jedno porušenie až do 10 000 eur, pri opakovanom nedodržiavaní môže úhrn dosiahnuť až 100 000 eur. O konkrétnej výške rozhoduje daňový úrad podľa závažnosti a okolností.
3. Dostanem pokutu hneď pri prvej chybe?
Spravidla nie. Pri prvom neúmyselnom porušení daňový úrad zvyčajne udelí len napomenutie. Chybu je však vždy potrebné bezodkladne opraviť.
4. Týka sa povinnosť aj neplatiteľov DPH?
Prijímať e-faktúry musia byť neplatitelia DPH pripravení od roku 2027. Povinnosť e-faktúry vystavovať sa ich týka až od 1. júla 2030. Predaja koncovým zákazníkom (B2C) sa e-fakturácia netýka.
Záver:
Pokuty pri e-fakturácii nie sú len teória. Od 1. januára 2027 bude mať Finančná správa vďaka údajom z Peppolu prehľad o transakciách takmer v reálnom čase a nesúlady odhalí rýchlo. Dobrá správa je, že celý rok 2026 máte na prípravu a bez rizika sankcie. Kto do konca roka overí softvér, vyberie si digitálneho poštára a proces si otestuje, sa pokút obávať nemusí — najväčším rizikom totiž nie je zlá vôľa, ale nepripravenosť na poslednú chvíľu. A nezabúdajte, že popri samotnej pokute vás môže citeľne zasiahnuť aj strata nároku na odpočet DPH z nesprávne prijatej faktúry.
